Viejo pueblo indígena fundado por Jojoh Quitequani (cruel León o Bravo León), llego aquí alrededor de 1325 y por parecerle fértil, de buenas tierras, montes y caza se quedo.
La conquista española fue realizada en 1522 por un solo hombre, Juan de Añesta quien llegó a pie y descalzo, siendo recibido en paz. En 1524 estuvo en Ameca, Francisco Cortes, con su columna expedicionaria que iba rumbo a Tepic acompañado de varios personajes de la conquista.
En 1541 se inicia la catequización por Fray Antonio de Cuellar. La fundación propiamente se realizo en el año de 1529 por Fray Antonio de Cuellar, guardián del Convento de Etzatlan, quien bajo a la gente del monte y la instalo en el actual. En 1549, el pueblo de Ameca es elevado a la categoría de alcaldía y estaba comprendido dentro del territorio de la Nueva España.
El 28 de Enero de 1824 el Congreso Constituyente del Estado de Jalisco, expide un plan de división territorial provisional, dividiendo al estado en 26 departamentos y Ameca quedo incorporado al de Cocula. Por la constitución política del Estado de jalisco expedida el 18 de Noviembre de 1824 se dividió el territorio en 8 cantones el quinto cantón comprendió los departamentos de Cocula quedando Ameca en su jurisdicción.
En 1827 fue levada a la categoría de municipio y se establece ayuntamiento en Ameca por decreto del congreso, el 8 de abril de 1844. El 22 de abril de 1882, por decreto del congreso del estado, Ameca es declarada ciudad. En el año de 1979, Ameca celebro sus 450 años de su fundación y el 28 de abril, los tres poderes del estado se trasladaron a esta para celebrar una sesión solemne.